De acordo com o artigo 12.º do Compromisso da Irmandade da Misericórdia de Ponte de Lima, a Igreja da Misericórdia é destinada ao exercício do culto divino e nela se realizarão, sempre que possível, os seguintes atos religiosos:
- Missa Dominical pelos Irmãos, Beneméritos e Benfeitores vivos e falecidos, semanalmente, às 12h00;
- Missa de sufrágio por alma de cada Irmão falecido;
- Missa solene anual em honra de N. S. da Conceição, padroeira da Instituição;
- Missa solene no dia de aniversário da Instituição, em 2 de Agosto;
- Festa anual da Visitação em honra da padroeira das Santas Casas da Misericórdia, no dia 8 de dezembro;
- Cerimónias litúrgicas tradicionais da Semana Santa;
- Missa e Ofício no mês de novembro de cada ano por alma de todos os Irmão, Beneméritos e Benfeitores falecidos;
- Celebração de outros atos de culto que constituírem encargos legalmente aceite.
Complementarmente, também se realizam os seguintes atos religiosos:
- Missa Vespertina no Oratório do Lar de Idosos Cónego Manuel José Barbosa Correia, semanalmente, às 16h00;
- Missa Vespertina na Capela do C.C. Arcozelo, semanalmente, às 18h00 (Outono/Inverno) e às 18h15 (Primavera/Verão);
- Incorporação na Procissão da Sexta-feira Santa;
- Incorporação na Procissão em honra de N. S.ª das Dores;
- Missa anual em honra de S. José, padroeiro do Lar de Jovens D. Maria Pia/São José.